Evrimsel Mikrobiyal Genomik Laboratuvarı (EvoGen)

Hakkında

Mutasyonlar, tüm organizmalarda genetik varyasyonun temel kaynağıdır ve evrim sürecini yönlendirmede büyük bir güç oluşturur. Bu nedenle, spontan mutasyonlara yönelik beklentilerin test edilmesi ve farklı organizmalarda gerçek mutasyon oranlarının belirlenmesi, mutasyonların evrimsel sonuçlarına dair kapsamlı bir görüş oluşturulmasına katkı sağlamaktadır. 

Farklı organizmalarda, seçilimin olmadığı koşullarda ve hücresel süreçlerin etkisiyle, gerçekleşen spontan mutasyon oranınına yönelik çok sayıda teorik ve deneysel çalışma yapılmaktadır. 2012 yılından beri, çeşitli mikrobiyal model organizmalarda genomik düzeyde mutasyon oranını ve spektrumunu belirlemek için bizler de bu deneysel çalışmalara katılıyoruz ve büyük veri setlerini analiz ediyoruz. Son zamanlarda, mutasyon oranlarının evrimini yönlendiren güçlerin daha kapsamlı şekilde aydınlatılmasına yardımcı olacak Archaea ve tek hücreli ökaryotik organizmalar üzerinde çalışıyoruz.

Araştırma Olanakları

Araştırmacılar

Devam Eden Projeler

Tamamlanan Projeler

Yayınlar

Önemli yayınlar:

  1. Kucukyildirim S. Whole-population genomic sequencing reveals the mutational profiles of the antibiotic-treated Escherichia coli populations. Biologia (2022) 77:525-531.
  2. Kucukyildirim S, Miller SF, Lynch M. Low base-substitution mutation rate and predominance of insertion-deletion events in the acidophilic bacterium Acidobacterium capsulatum. Ecology & Evolution (2021) 11: 17609-17614.
  3. Ozdemirel O, Ulusal D, Kucukyildirim S. Streptomycin and Nalidixic acid elevate the spontaneous genome-wide mutation rate in Escherichia coli. Genetica (2021) 149: 73-80.
  4. Kucukyildirim S. In vitro evaluation of the effect of streptomycin on the rate and molecular spectrum of spontaneous mutations in Klebsiella aerogenes. Journal of Turkish Society of Microbiology (2020) 50: 156-163.
  5. Kucukyildirim S, Behringer MG, Williams E, Doak TG, Lynch M. Estimation of the genome-wide mutation rate and spectrum in the archaeal species Haloferax volcanii. Genetics (2020) 215: 1107-1116.
  6. Kucukyildirim S, Sung W, Behringer M. G, Brock D. B, Doak T. G, Mergen H, Queller D. C, Strassmann J. E, Lynch M. Low base-substitution mutation rate but high rate of slippage mutations in the sequence repeat-rich genome of Dictyostelium discoideum. G3(Bathesda) (2020) 10: 3445-3452.
  7. Long H, Sung W, Kucukyildirim S, Williams E, Miller SF, Guo W, Patterson C, Gregory C, Strauss C, Stone C, Berne C, Kysela D, Shoemaker WR, Muscarella ME, Luo H, Lennon JT, Brun YV and Lynch M. Evolutionary determinants of genome-wide nucleotide composition. Nature Ecology & Evolution (2018) 2: 237-240.
  8. Kucukyildirim S, Long H, Sung W, Miller SF, Doak TG, and Lynch M. The rate and spectrum of spontaneous mutations in Mycobacterium smegmatis, a bacterium naturally devoid of the post replicative mismatch repair pathway. G3(Bathesda) (2016) 6: 2157-2163.
  9. Long H, Kucukyildirim S, Sung W, Williams E, Lee H, Ackerman M, Doak TG, Tang H and Lynch M. Background mutational features of the radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans. Molecular Biology and Evolution (2015) 32: 2383-2392.

Bağlantılar

Hakkında

Mutasyonlar, tüm organizmalarda genetik varyasyonun temel kaynağıdır ve evrim sürecini yönlendirmede büyük bir güç oluşturur. Bu nedenle, spontan mutasyonlara yönelik beklentilerin test edilmesi ve farklı organizmalarda gerçek mutasyon oranlarının belirlenmesi, mutasyonların evrimsel sonuçlarına dair kapsamlı bir görüş oluşturulmasına katkı sağlamaktadır. 

Farklı organizmalarda, seçilimin olmadığı koşullarda ve hücresel süreçlerin etkisiyle, gerçekleşen spontan mutasyon oranınına yönelik çok sayıda teorik ve deneysel çalışma yapılmaktadır. 2012 yılından beri, çeşitli mikrobiyal model organizmalarda genomik düzeyde mutasyon oranını ve spektrumunu belirlemek için bizler de bu deneysel çalışmalara katılıyoruz ve büyük veri setlerini analiz ediyoruz. Son zamanlarda, mutasyon oranlarının evrimini yönlendiren güçlerin daha kapsamlı şekilde aydınlatılmasına yardımcı olacak Archaea ve tek hücreli ökaryotik organizmalar üzerinde çalışıyoruz.

Araştırma Olanakları

Araştırmacılar

Devam Eden Projeler

Tamamlanan Projeler

Yayınlar

Önemli yayınlar:

  1. Kucukyildirim S. Whole-population genomic sequencing reveals the mutational profiles of the antibiotic-treated Escherichia coli populations. Biologia (2022) 77:525-531.
  2. Kucukyildirim S, Miller SF, Lynch M. Low base-substitution mutation rate and predominance of insertion-deletion events in the acidophilic bacterium Acidobacterium capsulatum. Ecology & Evolution (2021) 11: 17609-17614.
  3. Ozdemirel O, Ulusal D, Kucukyildirim S. Streptomycin and Nalidixic acid elevate the spontaneous genome-wide mutation rate in Escherichia coli. Genetica (2021) 149: 73-80.
  4. Kucukyildirim S. In vitro evaluation of the effect of streptomycin on the rate and molecular spectrum of spontaneous mutations in Klebsiella aerogenes. Journal of Turkish Society of Microbiology (2020) 50: 156-163.
  5. Kucukyildirim S, Behringer MG, Williams E, Doak TG, Lynch M. Estimation of the genome-wide mutation rate and spectrum in the archaeal species Haloferax volcanii. Genetics (2020) 215: 1107-1116.
  6. Kucukyildirim S, Sung W, Behringer M. G, Brock D. B, Doak T. G, Mergen H, Queller D. C, Strassmann J. E, Lynch M. Low base-substitution mutation rate but high rate of slippage mutations in the sequence repeat-rich genome of Dictyostelium discoideum. G3(Bathesda) (2020) 10: 3445-3452.
  7. Long H, Sung W, Kucukyildirim S, Williams E, Miller SF, Guo W, Patterson C, Gregory C, Strauss C, Stone C, Berne C, Kysela D, Shoemaker WR, Muscarella ME, Luo H, Lennon JT, Brun YV and Lynch M. Evolutionary determinants of genome-wide nucleotide composition. Nature Ecology & Evolution (2018) 2: 237-240.
  8. Kucukyildirim S, Long H, Sung W, Miller SF, Doak TG, and Lynch M. The rate and spectrum of spontaneous mutations in Mycobacterium smegmatis, a bacterium naturally devoid of the post replicative mismatch repair pathway. G3(Bathesda) (2016) 6: 2157-2163.
  9. Long H, Kucukyildirim S, Sung W, Williams E, Lee H, Ackerman M, Doak TG, Tang H and Lynch M. Background mutational features of the radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans. Molecular Biology and Evolution (2015) 32: 2383-2392.

Bağlantılar